另一种是：程序违法，实体上似乎并未侵害相对一方的合法权益，即我们平时所说的程序违法，实体正确。

当然还有一种情况是，程序合法，实体违法。对于第一和第三种情况，根据我国《行政诉讼法》的规定：撤销，追究实体违法的责任。困难的是第二种情况。根据上面的分析，既然存在独立的程序权利义务，行政机关程序违法，也就应该独立承担法律责任，而不应该把程序仅仅看成是实体的工具而完全依附于实体，因此，从理论上说，程序违法应该独立追究法律责任。但是，程序违法的情况还有其复杂之处。就程序本身的重要性，即内在价值而言，在程度上还是有区别的。如前例，行政机关在作出对相对一方不利影响的决定前，不听取对方的意见，或法定应该听证而不听证，就属于严重程序违法，因为这一程序缺陷违背了社会主义的民主与参与精神；再如，用暴力取得证据，也属于严重程序违法，因为它违反了社会主义社会对人的尊严的尊重，等等。对于这些程序违法，不管实体上是否正确，就应一律予以撤销，不得重新作出行政行为。但有些程序违法，例如，因疏忽忘了在文件上注明日期，属于程序上的小的瑕疵，可以重新补正。总之，存在独立的程序权利义务，是程序违法应该追究责任的基础。法律在设定程序违法的法律责任时，则要根据行政违法行为中程序与实体的违法情况和关系，以及程序违法本身的严重程度等具体情况作出规定。

目前，我国法律对程序违法的法律责任已有两种规定，一是《行政诉讼法》规定的程序违法，判决撤销，同时判决行政机关重新作出具体行政行为。这样做的目的就是使行政机关由于程序违法而承担败诉责任，体现严肃执法的要求。但同时又允许重新作出具体行政行为，也就是允许行政机关改正。这是我国法律第一次就行政程序违法后承担法律责任所作的规定。毫无疑问，这一规定是建立在该行政行为程序违法、实体合法的基础上的。但是该法没有分出在程序严重违法的情况下，是否还能适用本条规定。这是时代的局限。另一种是《行政处罚法》的规定，如果执法者程序违法时主观上有故意，那就应该追究其损害国家、社会利益的责任，除承担败诉责任外，还应由行政机关主动，或经司法建议后，视情节轻重给予执法工作人员以行政处分。这是考虑到我国对行政程序的认识情况所作的特殊规定。