1697年（藏历火兔年），仓央嘉措被选定为五世达赖的“转世灵童”，是年9月，自藏南迎到拉萨，途经朗卡子县时，以五世班禅罗桑益喜（1663～1737）为师，剃发受沙弥戒，取法名罗桑仁钦仓央嘉措。同年10月25日，于拉萨布达拉宫举行坐床典礼，成为六世达赖喇嘛。六世达赖仓央嘉措虽然身居西藏政教首领的地位，却不能掌握政教大权。

　　此时的西藏，政局动荡。1701年（藏历金蛇年），固始汗的曾孙拉藏汗继承汗位，与第巴(即藏王)桑结嘉措的矛盾日益尖锐。1705年（藏历木鸡年），桑结嘉措买通汗府内侍，向拉藏汗饮食中下毒，被拉藏汗发觉，双方爆发了战争，藏军战败，桑结嘉措被处死。事变发生后，拉藏汗向康熙帝报告桑结嘉措“谋反”事件，并奏称六世达赖仓央嘉措不守清规，是假达赖，请予“废立”。康熙帝准奏，决定将仓央嘉措解送北京予以废黜。火狗年(1706年)，仓央嘉措在押解途中，行至青海湖滨时失踪，关于他的去向，有着各种各样的版本。

　　有的传说，他是舍弃名位，决然遁去，周游蒙古、西藏、印度、尼泊尔等地，后来在阿拉善去世，终年64岁。