对于亦思巴奚战乱，历代各方的学者大多都持否定的态度，认为它造成了生灵涂炭、民族仇杀、人口减少、经济衰退、泉州港盛极而衰的严重负面影响。但对其起因和性质，学界则有不同的看法。代表明代官方学者观点的《元史》把亦思巴奚兵乱认为是一场反对元朝政府的叛乱事件。而现代一些研究者认为亦思巴奚战乱乃是元末福建政府和地方豪强之间争权角力引发的，是由福建行省平章政事（称为“省”）和廉访使（称为“宪司”）之间争夺权力的“省宪构兵”所引发，继而进一步引起地方豪强的争战。也有人将亦思巴奚战乱归因于泉州逊尼派穆斯林和什叶派穆斯林之间的教派冲突，而战乱前后都伴随着两大教派间的冲突乃至杀戮。