亦思巴奚兵乱长达近十年之久，对泉州、兴化一带的社会经济产生了极大的破坏，人民饱受战乱，死伤无数，尤其在那兀纳统治泉州期间大肆搜刮财产和民女，屠戮泉州百姓，对泉州社会造成重创。兴化路三县在战争中有超过2万民众死亡，4万多座房屋被焚毁。因为战争和兵乱期间教派暴力对抗的关系，泉州很多清真寺都被毁坏，现今仅存通淮街的清净寺这一座古清真寺，泉州的伊斯兰教因此衰落。连基督教（天主教）也受到连累，主教哲姆斯离开泉州，泉州基督教因而中断了约200年。