亦思巴奚兵乱带来了严重的族群间的仇视和对立，汉人对色目人的仇恨在亦思巴奚兵乱被平定后开始发泄出来，陈宗海部队占领泉州后进行了3日的大屠杀，许多色目人遇害，甚至有汉人因为长着高鼻梁或卷发而被误杀的，也有掘墓鞭尸的行为出现，蒲寿庚家族坟墓被掘开，其家族成员更是多有受酷刑之后被杀的。由于战乱和仇杀，外国商人几乎不敢赴泉州进行交易，番舶不敢进港，大量番商外逃，外侨社区解体，泉州的海外贸易和商业遭受近乎毁灭性的打击，经济一落千丈，泉州港开始走向没落。